重ね書きしたい（alt.layer）

 1base = alt.Chart(data).encode(
 2    alt.X("x").title("X軸"),
 3    alt.Y("y").title("Y軸"),
 4)
 5
 6mark = base.mark_bar()
 7text = base.mark_text().encode(
 8    alt.Text("y")
 9)
10
11# mark + text
12alt.layer(
13    mark,
14    text
15)

alt.layerを使って、複数のグラフを重ね書きできます。 alt.layerは+演算子で代替できます。 サンプルでは、ヒストグラム（mark_bar）にエントリー数をテキスト（mark_text）表示しています。

2軸グラフしたい

 1base = alt.Chart(data).encode(
 2    alt.X("time").title("測定時刻")
 3)
 4
 5mark1 = base.mark_bar().encode(
 6    alt.Y("event_rate").title("イベントレート [Hz]").scale(domain=[0, 5]),
 7)
 8
 9mark2 = base.mark_point().encode(
10    alt.Y("tmpC").title("気温 [℃]").scale(domain=[20, 30]),
11)
12
13alt.layer(
14    mark1,
15    mark2,
16).resolve_scale(
17    y="independent",
18)

resolve_scaleを使って、2軸グラフを作成できます。 サンプルではイベントレートと気温の時間変化を同じグラフに表示しています。 それぞれの軸の長さはalt.Scaleで調整できます。