rsync
1$ rsync [OPTION]... SRC [SRC]... DEST
2$ rsync [OPTION]... SRC [SRC]... [USER@]HOST:DEST
ローカルとリモートのファイルをアップロード／ダウンロードしたいときに使うコマンドです。 ファイルの差分を調べて実行してくれるので便利です。
ファイルをアップロードしたい
1$ rsync -auvz ファイル名1 [ファイル名2]... [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
2$ rsync -auvz --no-p ファイル名1 [ファイル名2]... [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
ファイルをアップロードする場合は、とりあえず-auvzをつけて同期すれば問題ないです。
オプションはそれぞれ-a（アーカイブモード）、-u（更新があったファイルを同期）、-v（メッセージ出力）、-z（転送時にデータを圧縮）です。
アーカイブモード
アーカイブモードは-rlptgoDに相当します。
--recursive（再帰的に同期）、
--link（シンボリックリンクをリンボリックリンクとして同期）、
--perms（パーミションを保ったまま同期）、
--times（時刻を保ったまま同期）、
--group（グループを保ったまま同期）、
--owner（オーナーを保ったまま同期）、
--devices（デバイルを保ったまま同期）
--special（特殊ファイルを同期）
アーカイブモードから除外したいオプションがある場合は、
それぞれ--no-r / --no-l / --no-p / --no-t / --no-g / --no-o / --no-D で選択できます。
ディレクトリごとアップロードしたい
1$ rsync -auvz ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
ローカルのディレクトリの内容を丸ごとリモートサーバーにアップロードできます。
ディレクトリ名の末尾に/（スラッシュ）をつける／つけないで、アップロードされる内容が変わるので注意が必要です。
--dry-runオプションを使って事前に確認をし、作業したい内容に合わせて使い分けてください。
実行内容を事前に確認したい（--dry-run）
1$ rsync -auvzn ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
-n（--dry-run）オプションを使うと、転送される内容を事前に確認できます。
完全に同期したい（--delete）
1$ rsync -auvz --delete ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
差分同期（--update）でリモートサーバーにアップロードした場合、
手元のコンテンツを削除して再び同期しても、サーバー側にデータが残ったままになってしまいます。
手元とサーバーのコンテンツを完全に同期させたい場合は--deleteオプションを使います。
デフォルトだと、データは転送前に削除（--delete-before）されます。
他にも転送中に削除（--delete-during）、転送後に削除（--delete-after）のオプションがあります。
特定のファイルを除外したい（--exclude）
1$ rsync -auvz --exclude ".DS_Store" ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
2$ rsync -auvz --exclude=".DS_Store" ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
3$ rsync -auvz --exclude-from="除外パターンをまとめたファイル名" ディレクトリ名/ [ユーザー名@]ホスト名:ディレクトリ名/
.DS_Storeなど、サーバーにアップロードする必要がないファイルを除外したい場合は--excludeもしくは--exclude-fromオプションを使います。
除外したいファイルの数が少ない場合は--excludeオプションで十分ですが、多い場合は除外パターンをまとめたファイルを用意して--exclude-fromで読み込ませるのがよいです。