ハイパーリンクしたい（hyperref）
% プリアンブル
\usepackage[オプション]{hyperref}
% autorefを日本語化
\renewcommand{\sectionautorefname}{章}
\renewcommand{\figureautorefname}{図} % Figure. -> 図
\renewcommand{\tableautorefname}{表}
\renewcommand{\equationautorefname}{式}
hyperrefは、相互参照などを自動でハイパーリンクにしてくれるパッケージです。
多くのパッケージに影響を与える可能性があるため、一番最後に読み込むことが推奨されています。
\hrefコマンドで、本文中にハイパーリンクを挿入できます。
\autorefコマンドで、本文中の相互参照をサポートできます。
デフォルトは英語で出力されますが、\renewcommandで日本語に変更できます。
日本語したい（pxjahyper）
\usepackage{hyperref}
\usepackage{pxjahyper} % (u)pLaTeXの場合、これも追加推奨
和文クラスでhyperrefを使うと、ページから文章がはみ出したり、
目次のしおりが文字化けしたりします。
そのような場合はpxjahyperパッケージを使います。
オプションを設定したい（\hypersetup）
% パッケージオプション
\usepackage[オプション]{hyperref}
% hypersetupで追加
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{オプション}
hyperrefを設定する方法は3種類あります。
パッケージオプションを使う方法
\hypersetupコマンドを使う方法hyperref.cfgを使う方法
僕は、設定が読みやすいのと、ソース管理していると変更が分かりやすいので\hypersetupコマンドを使う方法を好んで使っています。
リンクに色をつけたい
\hypersetup{colorlinks=true} % リンクの文字に色を追加する
\hypersetup{allcolors=blue} % すべてのリンクの色を設定する
% \hypersetup{linkcolor=red} % 内部リンクの色設定
% \hypersetup{citecolor=green} % 参照文献のリンクの色設定
% \hypersetup{filecolor=cyan} % 参照文献のリンクの色設定
% \hypersetup{urlcolor=magenta} % URLのリンクの色設定
\hypersetup{hidelinks=false} % リンクに色をつけない
デフォルトだとリンクは枠（pdfborder）で囲まれて表示されます。
リンクの対象ごとに文字色を設定できますが、allcolorsを使って一括設定するのが楽ちんです。
PDFのしおりを作成したい
\hypersetup{bookmarks=true} % デフォルト
\hypersetup{bookmarksnumbered=true} % しおりのタイトルに章番号を表示する
\hypersetup{bookmarksopen=true} % しおりの第1階層を開いた状態で表示する
PDFのしおり（ブックマーク）は自動で生成されるようになっています。 長い文書の場合は、章番号も表示するとよいです。
しおりの文字化け対策
\usepackage{pxjahyper}
\pxjahypersetup{キー=値, ...}
(u)pLaTeXでhyperrefを使うとPDFのしおりが文字化けします。
その場合にはpxjahyperパッケージを読み込んで対応します。
ページサイズ対策
\hypersetup{setpagesize=false}
PDFのメタ情報を設定したい
\hypersetup{pdftitle=PDFのタイトル}
\hypersetup{pdfauthor=PDFの著者}
\hypersetup{pdfsubject=PDFのサブジェクト}
% \hypersetup{pdfcreator=LaTeX with hyperref}
\hypersetup{pdfkeywords="キーワード1,キーワード2,..."}
\hypersetup{pdfduplex="Simplex|DuplexFlipShortEdge|DuplexFlipLongEdge"} % 両面印刷の設定
PDFのメタ情報を設定できます。
Preview.appの場合、[Tools] → [Show inspector]（⌘ + i）で確認できます。
ひとの目に入る情報ではないので設定しなくても構いません。
設定する文字列は"..."で囲む必要はありません。
リファレンス
texdoc hyperref
texdoc pxjahyper